Česko.Digital pomáhá neziskovým organizacím prostřednictvím kurzu Nezisk.Digital identifikovat a překonávat překážky v poskytování svých služeb pomocí digitálních technologií. Inkubační projekt byl úspěšný jak pro příjemce, tak pro zapojené neziskovky. Příjemce přistupuje k digitalizaci komplexně, nejde jen o absolvování kurzu. Vychází z myšlenky, že “pokud chce organizace růst, nabízet lepší služby pro své klienty nebo šetřit čas svých zaměstnanců, bez digitální transformace se neobejde.” Inkubační fáze umožnila Česku.Digital upravit kurz na základě zkušeností z 6 neziskovek (Cheiron T, RadoVan, Česká asociace pro psychoterapii, Letokruh, Sipora, Tamtamy), které jím v inkubaci prošly. Změny zahrnují prodloužení kurzu o dva týdny, větší zapojení facilitátora a přidání nového modulu zaměřeného na škálování v organizaci a dopad na klienty.